1990년대 초반, 당시 만화계의 폐해와 발전방향에 대한 진지한 고민을 하던 우만협(우만연 전신)은 당시의 '만화공장'화 된 시스템 하에서는 제대로 된 신진작가의 배출이 어렵다고 판단, 새로운 교육 방식의 필요성을 제기했습니다. 이에 따라 그간의 개별적인 노하우를 바탕으로 커리큘럼을 작성하고, 강의 방식 등을 고민, '만화아카데미'라는 교육과정을 신설하였습니다. 만화아카데미의 운영을 통해 보다 더 전문적이고 안정적인 교육 내용과 환경의 필요성이 제기되어 이후 '한겨레 문화센터''서울 애니메이션 센터' 등의 협조를 받아 1년 과정의 '만화가 전문과정'을 운영하게 되었습니다.

0기라고 하는 초기 만화아카데미는 94년 서울예전에서 시작하였고, 이후 1기부터는 1995년부터 한겨레문화센터에서 매년 ‘출판만화전문반’이란 이름으로 진행이 되었습니다. 이후 1999년 서울애니메이션센터에서 6기부터 시작되어 10기까지 진행되었습니다. 2006년에는 우리만화연대 자체적으로 합정동 ‘만화발전소’에서 11기 수업을 진행하고 수료생들을 배출하였습니다.

본 과정을 통해 배출된 신진 작가들은 각종 공모전에 당선되는 등 새로운 만화를 시도하며 활발하게 작가로 활동하고 있습니다.  

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